La documentación del Museo de América es variada y compleja, como respuesta también a la historia que ha tenido la institución. Parte de esta documentación se encuentra en las instituciones que custodiaron las colecciones americanas antes de su incorporación al Museo de América (Patrimonio Nacional, Museo Nacional de Ciencias Naturales, Museo Arqueológico Nacional...).
La tipología de la documentación es varíada e incluye expedientes administrativos, correspondencia, archivo fotográfico, inventarios y fichas antiguas, láminas, etc.
Inventarios y Fichas del antiguo museo de América en el Museo Arqueológico Nacional
Archivo fotográfico 'Castedo'
Documentación sobre Filipinas y fondos de Ultramar