De este Ministerio dependen, según el Directorio de Museos y Colecciones de España a fecha de mayo de 2018, 82 museos, contando los museos y sus filiales, pero no secciones ni anexos.
- Dieciséis de ellos son de gestión directa a través de la Subdirección General de Museos Estatales, los que llamamos Nuestros museos. Salto de línea
- Y otros seis están adscritos al Ministerio de Cultura y Deporte, pero se gestionan de distintas formas:
- El Museo de la Biblioteca Nacional de España
- El Museo Lázaro Galdiano
- El Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía
- El Museo Nacional del Prado
- El Museo Nacional del Teatro
- El Museo Nacional Thyssen-Bornemisza
- Otros 60 museos están adscritos al Ministerio pero tienen su gestión transferida a las Comunidades Autónomas en las que se ubican.