Desde los orígenes del fenómeno Jacobeo el desplazamiento de los peregrinos a lo largo del Camino de Santiago ha planteado la necesidad de una intervención específica. Con la finalidad de proteger al peregrino se aprobaron, ya desde la Edad Media, una infinidad de normas civiles y eclesiásticas que dieron lugar al denominado «Ordenamiento Jurídico, o Código de los Peregrinos». Dado que muchos de los peregrinos procedían de tierras lejanas, la peregrinación originó una especie de derecho internacional protector, que perduró hasta el S.XIX. Inicialmente, a los peregrinos se les equiparó en derechos a los comerciantes. Se les reconocía tanto la libertad de circulación en los reinos españoles, con privilegios y exenciones en el pago de peajes y portazgos, como la protección resultante en virtud de los deberes de hospitalidad y caridad.
En el pasado siglo, surgió un nuevo enfoque en la intervención de las administraciones con el fin de proteger el rico Patrimonio monumental e histórico-artístico del Camino de Santiago. La protección de los poderes públicos se centró en un principio en el extraordinario legado monumental y posteriormente se amplió ante la urgencia de una labor de conservación y delimitación del propio Camino para evitar su paulatina desaparición. El Decreto 2224/1962 de 5 de septiembre declaró conjunto histórico-artístico a todos los lugares, edificios y parajes conocidos del Camino de Santiago y a todos aquellos que en lo sucesivo identificara el Patronato Nacional creado al efecto y regulado posteriormente por Decreto 1941/1964 de 11 de junio.
En el último cuarto del siglo XX, el considerable aumento del número de peregrinos que realizaban el Camino de Santiago y el creciente interés por su recuperación como hecho cultural motivan la creación del Consejo Jacobeo.
La colaboración entre las Administraciones competentes en el Camino de Santiago se plasmó inicialmente en varios acuerdos y convenios para poner en marcha iniciativas con el fin de impulsar la cooperación y la coordinación institucional. El origen del Consejo está en el Convenio de Cooperación para la recuperación y revitalización del Camino de Santiago firmado en 1987, donde ya se preveía la creación de un Consejo Coordinador formado por un representante de cada Ministerio y de las Comunidades Autónomas adheridas al Convenio.
Finalmente, mediante el Real Decreto 1530/1991, de 18 de octubre se constituyó el Consejo Jacobeo para facilitar la colaboración y asegurar la adecuada ejecución de los programas que se llevarían a cabo con motivo de la celebración del año Santo Jacobeo de 1993. Desde su creación el Consejo Jacobeo ha favorecido una actuación coordinada de las administraciones que lo componen en el ámbito del Camino de Santiago.
Su última reorganización se produjo en 2009 para intensificar sus funciones como órgano de cooperación en lo que se refiere a la gestión del Camino de Santiago inscrito en la lista de Patrimonio Mundial, que en aquel momento se limitaba al Camino Francés y que posteriormente, se ha visto incrementado con los Caminos del Norte Peninsular (Camino Primitivo, Camino de la Costa, Camino Lebaniego y Camino Interior Vasco-Riojano), declarados Patrimonio Mundial en julio de 2015.