Desde los puertos peruanos las exploraciones se dirigen fundamentalmente hacia el Sur. Pretenden reconocer la costa y mejorar la navegación entre los dos océanos, al tiempo que garantizar el control español del Estrecho, evitando así que lo crucen potencias rivales y piratas avariciosos. Los todos los objetivos marcados logran cumplirse con éxito, aunque se reconoce la costa chilena hasta el estrecho de Magallanes, se atraviesa por primera vez en sentido Pacífico-Atlántico y en 1580 Pedro Sarmiento de Gamboa navega desde la costa chilena hasta España. Simultáneamente, las autoridades españolas asentadas en América promueven la exploración de la costa septentrional del nuevo continente. Desde los puertos mexicanos se navega hacia el Norte y se reconoce el Mar de Cortés y la península de California. A principios del siglo XVII, Sebastián Vizcaíno recorre la costa desde Acapulco hasta Oregón levantando cartografía y descripciones que se incorporan al derrotero oficial del Galeón de Manila.