En 1570 Legazpi funda Manila y la ciudad, situada estratégicamente en el centro del arco asiático, se convierte pronto en un puerto de intercambios entre mundos distintos. Por el Este arriban juncos y pancas cargados con lujos de todas partes de Asia; por el Oeste un galeón con los tesoros de América. Al calor del fructífero comercio, Manila se erige en plataforma para la conquista filipina y punta de lanza de la evangelización de Asia.
No se abandona el interés por las islas de las especias. Los réditos comerciales se complican ante su diversidad, a medio camino entre el islam, Asia y las culturas insulares, sin olvidar la rivalidad con los portugueses y, con posterioridad, con los holandeses. Los líderes locales, a su vez, se ven envueltos en una difícil tesitura, resistiéndose a perder su autonomía frente a enemigos propios e injerencias extranjeras. Entre tanto, el dominio español del mar abierto posibilita el asentamiento en enclaves insulares más alejados, contacto ocasional que en algunos casos se trasforma en permanente.