Durante los primeros 65 años del Galeón de Manila, los naufragios y pérdidas de barcos superan a los viajes realizados con éxito. De algunos poco se sabe, de otros tenemos más referencias, como de los náufragos del Santa Margarita, barco hundido en las islas Marianas. Aunque a partir de 1640 el levantamiento de cartas y derroteros, la formación de pilotos y el conocimiento del medio dotan a los barcos de una fiabilidad inusitada para la época, la ruta no deja de ser nunca una aventura náutica de enormes proporciones. La inmensidad del viaje, los temporales y el rico botín, acechan al Galeón de Manila durante sus dos siglos y medio de existencia. Los piratas y las potencias rivales ansían parte de estas riquezas. Así lo pretendió el pirata chino Li Ma Hong, que intentó conquistar Manila; o el holandés Olivier de Noort, cuyas peripecias no le aportaron demasiados beneficios, aunque hundió una nao repleta de bellas porcelanas y otras tantas piezas selectas, la nao San Diego.