El regreso de la nao Victoria a Sevilla cargada de especias y certezas náuticas motiva la organización de una serie de expediciones a las islas Molucas desde España y los nuevos enclaves americanos. El Pacífico se muestra implacable con los nuevos navegantes y cierra, además, una y otra vez el camino de regreso a América. Los derroteros, custodiados por los supervivientes, dan la vuelta al mundo y llegan a Sevilla tras mil aventuras con nuevos datos geográficos, rutas e islas. El nuevo océano va tomando forma con cada ensayo y fracaso.
España y Portugal se encuentran al otro lado del Mundo y se disputan el derecho sobre las islas Molucas en virtud de la línea divisoria de Tordesillas. Mientras en Badajoz, cosmógrafos y pilotos de uno y otro bando se reúnen para resolver la cuestión diplomáticamente, en las antípodas los navegantes ibéricos se hacen la guerra. En 1529, tras cuatro años sin llegar a un acuerdo, España firma el tratado de Zaragoza y renuncia a los posibles derechos sobre las Molucas a cambio de 350.000 ducados de oro, poniendo fin a la primera etapa de la navegación española por el Pacífico.
Tras el tratado de Zaragoza comienza la segunda etapa de la penetración española en el océano Pacífico. Las expediciones, organizadas ya desde Nueva España (México) tienen ahora dos objetivos: el establecimiento de una base permanente en el archipiélago filipino y la apertura de una ruta de regreso que conecte ambos lados del Pacífico. Con cada expedición hacia el oeste, se dibujan nuevas islas y caminos. La ruta de regreso tardará todavía en llegar. Miguel López de Legazpi cumple con el encargo recibido y sanciona el control español de las islas Filipinas, llamadas así por el monarca español. Su inicial asentamiento será pronto suplantado por la ciudad y puerto que vendrán a centralizar las posesiones españolas en Oriente durante varios siglos: Manila.