Panamá, nexo de unión entre dos océanos. Los dominios españoles en América se convierten en una tierra virgen que evangelizar, dominar y explotar, pero también en un alto en el camino hacia el lejano Oriente. Son un destino y, a la vez, una puerta de paso. La privilegiada situación geográfica del istmo panameño lo convirtió en una importante zona que actuaba como nexo de unión entre el Pacífico y el Atlántico. Asumida esta nueva realidad, sólo quedaba continuar hacia Poniente, hacia aquellas remotas islas de las especias que simbolizaban el éxito y la riqueza. Las ciudades de Panamá y Nombre de Dios fueron los puertos que señalaban una importante y estratégica ruta en la que se establecieron dos vías de gran significación para el comercio y el transporte de mercancías, aunque no exentas de dificultades y penurias: una terrestre, el camino de Cruces y la otra fluvial, en la que el río Chagres llegaba hasta la Venta de Cruces. La plata peruana llegaba hasta Panamá para ser trasladada luego a Nombre de Dios y, desde 1597, a Portobelo, sede de una cosmopolita feria que se celebró hasta 1739 y donde se comercializaban todo género de productos.
Como es lógico, se tuvo que articular en torno a todos estos enclaves, sobre todo en la embocadura del Chagres y de Portobelo, un importante sistema defensivo para protegerlo de los ataques enemigos, entre los que se encontraban notables filibusteros y piratas. Tal era la importancia del istmo de Panamá como vía de comunicación, que ya el Consejo de Indias en 1533 estudió la posibilidad de abrir un canal “para que el mar del sur entrase en dicho Río para que ambos mares asi el del norte como el del sur se pudiesen navegar por el dicho rio con carabelas”. Este extraordinario proyecto, que gravitó durante años por la mente de los españoles, no sería culminado hasta 1914.