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Proyectos
El Museo de Altamira es un centro de investigación entre cuyos fines se encuentra el estudio de la Prehistoria y del primer arte de la humanidad. Son también objetivos del museo la transmisión de este conocimiento a la sociedad, la puesta el valor del patrimonio cultural que gestiona y la sensibilización social ante su necesaria protección.
El Museo fomenta la colaboración con otros agentes especializados, entre ellos museos, universidades o centros de investigación, de cara a la integración de múltiples disciplinas científicas en los proyectos que desarrolla. Asimismo, es miembro de diversos foros profesionales y comités internacionales.
Los tiempos de Altamira
La investigación se centró en las cuevas de Cualventi, Linar y Las Aguas, por los registros geoarqueológicos y representaciones artísticas que contienen, por su proximidad a la cueva de Altamira y por su ocupación durante los mismos periodos.
El objetivo fue determinar las características paleoambientales, la cultura material y las manifestaciones artísticas de la región durante el Paleolítico superior.
Prehistoria y arte rupestre de la cueva de Altamira
El Museo de Altamira investigó el yacimiento arqueológico interior y exterior de la cueva. Los resultados obtenidos permitieron ampliar el periodo de ocupación humana de Altamira en más de 4.000 años, hasta el periodo Gravetiense.
En el exterior, se localizó un nivel arqueológico con restos de época Magdaleniense, sepultado por el colapso que destruyó la entrada hace unos 13.000 años.
La cueva de Altamira. Estado actual del conocimiento del registro arqueológico 
Programa de investigación para la Conservación Preventiva y de Régimen de acceso a la cueva de Altamira
Entre los años 2012 y 2014 tuvo lugar este proyecto cuyos objetivos fueron evaluar la incidencia de la dinámica natural de la cueva y el impacto de la presencia humana, definir los protocolos de acceso tanto para la investigación como para la visita de la cueva y diseñar las medidas de conservación preventiva.
Registro e inventario del patrimonio arqueológico precerámico y del arte rupestre de Paraguay
El proyecto se ha centrado en el estudio de un gran abrigo del cerro Guasú en Paraguay; en el registro e inventario de su patrimonio arqueológico, y en la prospección, localización, identificación, registro e inventario de sitios de arte rupestre que permanecían inéditos para la comunidad científica. Se realizó en colaboración con la Secretaría Nacional de Cultura de Paraguay.
Itaguy Guasu: Un abrigo con grabados de pisadas y abstractos en cerro Guasú