Aunque mantiene las constantes vitales reguladas por los dos Reales Decretos que lo definen desde un punto de vista jurídico, el MNA está actualmente volcado, gracias a un nuevo plan estratégico que se halla en fase de redacción, en un proceso de renovación de sus contenidos y su identidad, y de su capacidad de comunicar valores y de fomentar la participación ciudadana en la construcción de su finalidad, dentro del Plan Museos + sociales del Ministerio de Cultura y Deporte, en el que, junto al Museo de América, lidera el programa para el respeto a los valores de la interculturalidad.
Es un proceso en el que las exposiciones temporales cumplen un papel experimental muy importante, al igual que los talleres con migrantes, jóvenes y adolescentes y otros “nuevos públicos”, y mediante el que se van incorporando nuevos temas y perspectivas y el museo se transforma en mediador y catalizador de los intereses de diferentes colectivos y no en emisor de una única visión monográfica de la riqueza cultural de la sociedad global.