En 1995 se localizó un segundo pecio, Mazarrón 2 (Playa de la Isla, Mazarrón, Murcia), conservado casi completo con su cargamento, y ante la imposibilidad de abordar su documentación y estudio por estar trabajando en la extracción de los restos de Mazarrón 1, se decidió volver a enterrarlo con sedimento y protegerlo con una estructura metálica diseñada y construida para tal fin.
Entre octubre de 1999 y enero de 2001 se procedió a la extracción y documentación del cargamento de Mazarrón 2, compuesto por lingotes de mineral de plomo, un ánfora, un molino de mano, una espuerta de esparto con asa de madera, restos de cabos de esparto de diversos grosores y tipos, abarrote para la estiba y protección del casco, o su ancla, de madera y plomo.
El hallazgo de Mazarrón 2 documenta por primera vez y de modo excepcional la vía marítima de la explotación del metal que los fenicios practicaron en la península ibérica, que solo conocíamos por los textos clásicos. Además este yacimiento da a conocer por primera vez la construcción naval, la vida a bordo, el sistema de estibado y abarrotado y el uso de anclas construidas más antiguo que se conoce. Se fecha en la segunda mitad del siglo VII a.C.
Actualmente el pecio se conserva in situ en el yacimiento, protegido por la “Caja Fuerte” que se construyó expresamente para él, los materiales sin embargo, fueron extraídos y se encuentran en el Museo.