En 1993 comenzó el proyecto “Proyecto Nave Fenicia” por parte del Museo Nacional de Arqueología Marítima en la Playa de la Isla (Mazarrón), tras el hallazgo de unos restos fenicios de lo que podría ser un barco. Desde octubre de 1993 a diciembre de 1995 se llevó a cabo la primera campaña que tenía por objetivos principales: prospectar toda la bahía en busca de cualquier evidencia arqueológica y excavar el barco fenicio (el llamado Mazarrón 1) con el último objetivo de trasladarlo al Museo.
Se prospectaron más de 70.000 metros cuadrados en busca de cualquier evidencia y en el trascurso del proyecto se detectó el segundo barco fenicio (Mazarrón 2) en la primavera de 1994. En dicho momento se llevó a cabo un pequeño sondeo en la parte central de la nave para evaluar la importancia del descubrimiento. En dicha cata se detectó que el barco se encontraba sellado por una capa de posidonia, confirmando que nos encontrábamos con un barco de cronología prerromana intacto. El barco se tapó a la espera de poder acometer su estudio.
Poco después, el 30 de junio de 1995 el barco Mazarrón 1 era extraído y llevado a las instalaciones del Museo para su estudio y restauración por parte de los restauradores del Museo, basado en la impregnación en Polietilenglicol y en la liofilización.
Entre 1999 y 2000, se llevó a cabo la excavación del pecio Mazarrón 2. En esta campaña se procedió al levantamiento de los niveles estratigráficos que sellaban los niveles arqueológicos. Se colocó la “Caja Fuerte” que protege el yacimiento hasta hoy en día. Todo el cargamento fue detenidamente numerado y documentado mediante fotografía y dibujo. Tras estas operaciones los materiales eran extraídos para ingresar inmediatamente en el laboratorio de restauración. A continuación se procedió a la documentación, mediante un dibujo a escala 1:1, de las maderas de la nave que fueron protegidas de nuevo.
A partir de 2007 el Museo Nacional de Arqueología Subacuática, retomó de nuevo el proyecto, con el fin de actualizar la documentación gráfica existente con nuevas técnicas y procesos digitales que generaron un nuevo archivo en formato digital, que permitiera hacer una restitución 3D del barco fenicio y una réplica a escala del mismo para la exposición en el nuevo Museo.