El Museo dispone de una de las más completas colecciones sobre arqueología náutica y patrimonio cultural subacuático de España y de la región mediterránea, eje vertebrador en torno al cual se ha ido reuniendo un importante acervo bibliográfico y documental complementario que supera los 14 000 volúmenes y una bien nutrida hemeroteca de más de 560 títulos.
Cuenta también con una amplia sección de referencia y de fuentes clásicas e históricas, con especial atención al género periplográfico, un completo repertorio de cartografía náutica y un exquisito conjunto de facsímiles. Complementa el conjunto el variado fondo local relativo a la historia de Cartagena y Murcia.
La biblioteca del Museo forma parte de la Red de Bibliotecas de Museos (BIMUS). Como integrantes de esta Red nuestros fondos aparecen referenciados en el catálogo colectivo, disponible en línea:
Enlace BIMUS https://www.culturaydeporte.gob.es/cultura/areas/museos/mc/bimus/catalogos.html