La Sala I es de contenido fundamentalmente epigráfico, y en ella se ha querido ilustrar la cuestión de la administración ciudadana y provincial en la ciudad de Augusta Emerita. Y de esta situación se hacen eco las inscripciones seleccionadas. En ellas se hace referencia figuras de la relevancia del emperador o el gobernador de la provincia. Otras inscripciones recuerdan toda una serie de cargos municipales. Completa la sala un magnífico mosaico procedente de la villa romana de “Las Tiendas” en cuyo cuadro central se muestra la cacería de un jabalí.
La Sala II está dedicada al territorio de la Colonia, y más particularmente a su explotación agrícola. Destacan en relación a ello las lujosas villas campestres de finales del Imperio romano, cuya máxima expresión en el entorno se concreta en la de “Las Tiendas”, de donde proceden gran número de objetos del Museo. Si en la sala anterior ya contemplamos de ella un gran mosaico con una escena de caza, en la presente vemos uno en cuyo cuadro central se representa una nereida cabalgando sobre un lobo marino u otro al fondo con una escena de caza a una pantera.
En la Sala III vuelve a predominar el contenido epigráfico, pero en este caso para incidir en los movimientos migratorios, tanto de Augusta Emerita a otras ciudades, como de otras ciudades a la Colonia. Para el primero de los movimientos baste acudir a dos de los cuatro paneles dispuestos en la sala. Y para la cuestión de la inmigración, aparte de con los restantes paneles, se cuenta con el apoyo de las inscripciones expuestas en la sala, por lo general funerarias.
La Sala IV trata sobre las profesiones. La epigrafía vuelve a ser de gran ayuda al respecto, refiriendo la presencia, en una colonia de veteranos como lo fue Augusta Emerita, de un numeroso contingente de militares: tal es el caso de los Voconios, que muestran con orgullo en su inscripción funeraria sus condecoraciones. Otras profesiones bien testimoniadas son de lo más variadas, y van desde la medicina hasta la hostelería.
Las salas V y VI se dedican al retrato privado, la V al retrato femenino, y la VI al retrato masculino. Entre los retratos femeninos, el más llamativo es el conocido popularmente como “La Gitana”, cuyo sobrenombre le viene dado por su original peinado a base de rizos y patillas, por lo demás típicamente hispánico. Pasando al retrato masculino, centra la Sala VI el busto de un varón conocido popularmente como “El Panadero” debido a su similitud con una persona que ejercía tal oficio en la ciudad en el momento del hallazgo de la pieza.
En la Sala VII, que lleva por título Arte y cultura, se pretende hacer un repaso a la compleja actividad creativa que tenía lugar en Augusta Emerita a través de las muchas las facetas en que se manifestaba (música, filosofía, artes plásticas…). Como alusión al interés por la filosofía se expone en ella un mosaico de grandes proporciones en el que los Siete Sabios de Grecia discuten un pasaje de la Iliada.Salto de línea La Sala VIII concluye el recorrido temático de la Planta Segunda con la Mérida cristiana. Esta sala sirve de nexo de unión entre el Museo y la Colección Visigoda del mismo, y en ella se exponen desde testimonios epigráficos, hasta algunos elementos arquitectónicos destacados por su decoración ornamental.
La Sala IX, desde el año 2011, ha servido para acoger una serie de muestras temporales de producción propia. En ellas, a partir fundamentalmente de piezas de almacenes, se han ido recorriendo toda una serie de temas, quizá no merecedores de una sala permanente, pero que sí se han estimado de posible interés para el público.
En la Sala X, el recorrido por las salas concluye con el conocido como “Mosaico de los Aurigas”, un ejemplar de enormes dimensiones llamado así por representar, a ambos lados de un tondo central con un nuevo tema báquico, sendos cuadros con los campeones Paulus y Marcianus en actitud victoriosa sobre sus respectivas cuadrigas.Salto de línea