El limitado número de recursos dedicados a la investigación en conservación de patrimonio es insuficiente para abordar la multitud de aspectos que necesitan ser abordados. En la mayoría de los casos, la cantidad de problemas identificados supera con creces las capacidades financieras y de recursos de las instituciones responsables.
Esto obliga a identificar y seleccionar unas líneas prioritarias de investigación que se consideran de especial relevancia en la situación actual y que se proponen como programas ligados al Plan. Estas líneas se han seleccionado como consecuencia de los trabajos de la Comisión de seguimiento del Plan Nacional de Investigación en Conservación, basándose en los estudios sobre antecedentes y estado de la cuestión presentados en documento base del Plan.
Todos estos programas van ligados a objetivos de generación de conocimiento o aplicación innovadora de conocimiento existente. El Plan aborda los siguientes programas: